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Nouveau modèle d’indexation : Des variations pour une meilleure fiabilité

En avant-première de la publication des index le vendredi 10 avril prochain, l’UMT 3G (Unité mixte de technologie regroupant ALLICE, INRA et Institut de l’Elevage) a communiqué sur le changement de la méthode de calcul des index génomiques. La motivation principale de ce changement est l’obtention d’index plus fiables et plus précis. Mais comme beaucoup de changements majeurs, des variations seront constatées et le palmarès observé lors de la dernière indexation se verra perturbé.

Les changements effectués dans le calcul des nouveaux index génomiques :

  •  Meilleur suivi des régions du génome impliquées dans les variations génétiques des caractères

La population de référence est essentielle pour assurer une qualité de l’index génomique et le nombre de taureaux dans la population Holstein a doublé en 5 ans. Associé à cette augmentation, le nombre de QTL (région du génome ayant un effet sur un caractère) a triplé pour atteindre désormais 3000 QTL par caractère pris dans les calculs. On observe donc plus de précision de l’index (très peu de CD inférieurs à 70).

  • Prise en compte d’une ascendance génomique

Ce point permet de se rapprocher des modèles étrangers qui utilisent une ascendance génomique dans le calcul de leur index génomique. Ainsi, au lieu de ne tenir compte que du pedigree des individus, l’ascendance sera suivie par marqueurs. Une conséquence de ce rapprochement avec les modèles étrangers est une cohérence entre les palmarès étrangers et français qui a été améliorée.

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Schéma de la prise en compte de l’ascendance avec l’ancien modèle (Ascendance sur pedigree)

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Schéma de la prise en compte de l’ascendance avec le nouveau modèle (Ascendance génomique)

Avec ce système de prise en compte de l’ascendance, la nouvelle indexation permet de distinguer deux pleins-frères ou pleines-sœurs selon le panel génétique qu’ils ont reçu de leurs parents.

  •  Intégration des performances individuelles des femelles génotypées dans leur index

Contrairement à l’ancien modèle, l’index génomique d’une femelle sera modifié au cours de ses lactations. La méthode utilisée est le “Blending”, dont le principe est le calcul d’un index génomique de la femelle auquel sont intégrées les performances de la femelle (lactations, pointages). La motivation première de cette modification est l’apport d’une information plus proche des qualités réelles de l’animal. Ce changement va donc entrainer aussi des variations d’index des femelles génotypées.

Ces évolutions dans le calcul de l’index génomique vont entrainer des variations plus ou moins importantes, et nous sommes conscients du bouleversement que ce changement peut entrainer sur certains accouplements déjà effectués. Cependant cette nouvelle méthode de calcul est un nouveau cap franchi en sélection génomique, et permet d’obtenir des index plus fiables et plus précis.

Pour tous renseignements complémentaires, vous pouvez consulter le communiqué officiel de l’institut de l’élevage (IDELE) ici

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