Nouvelle méthodologie d’indexation : le Single Step (SStep)

Publié le 28 mars 2022

Le 06 avril prochain est prévue la publication de la première indexation officielle de l’année pour les femelles et les mâles de notre race. Cette indexation sera en rupture par rapport aux indexations passées, puisque le calcul des index s’effectuera à partir d’une nouvelle méthodologie. Aussi, à travers cet article, nous allons essayer de comprendre les raisons et motivations ayant amené à ce changement de méthodologie d’indexation.

Qu’est ce qu’une méthodologie d’indexation?

Une méthodologie d’indexation n’est ni plus ni moins qu’un ensemble de modèles mathématiques, d’équations de prédictions et d’échanges de données qui, au sein d’un système informatique, permettent à partir d’ingrédients (de données), et en suivant un protocole, d’obtenir un résultat (des index). Pour concrétiser nos propos, faisons une comparaison entre le système d’indexation et le système d’alimentation des vaches. Comme le montre l’illustration ci-contre, dans les deux systèmes, on constate un enchaînement d’étapes démarrant avec les ingrédients, nécessitant une méthodologie pour assembler les ingrédients suivant des protocoles, et finissant par le résultat. Changer de méthodologie ne change donc pas fondamentalement le résultat. Dans notre cas, la nouvelle méthodologie permettra toujours de produire des index à partir des mêmes ingrédients (généalogie, performances, génotypage …). Cependant, le changement de méthodologie peut permettre de gagner en efficacité de traitement des données, en précision d’estimation de la valeur génétique…, puisque les ingrédients sont assemblés différemment. Nous allons donc maintenant nous intéresser aux éléments qui justifient cette évolution de méthodologie d’indexation.

Pourquoi passer du modèle GBLUP au modèle SSTEP?

Pour rappel, la dernière évolution de méthodologie de l’indexation s’est effectuée avec l’arrivée des évaluations génomiques fin des années 2000. Il avait alors été créé un nouveau modèle GBLUP qui venait s’exécuter après le modèle BLUP développé antérieurement, fin des années 1980. Comme le montre la schématisation ci-contre, chacun des deux modèles permettait d’obtenir en résultat des index : un index Polygénique avec le BLUP et un index Génomique avec le GBLUP. Cependant, les modèles fonctionnant l’un après l’autre, une adaptation en « sortie » du modèle BLUP avait été effectuée pour prendre en compte les performances des animaux génotypés en « entrée » du modèle GBLUP.

Au fil des années, la sélection génomique s’est imposée dans les schémas de sélection, et dans les élevages de Prim’holstein, impliquant une présélection génomique importante. Ce phénomène que l’on appelle « présélection génomique » a pour impact principal le fait que des individus génotypés, et disposant d’un potentiel génétique peu intéressant, n’obtiendront jamais de performances, puisque non retenus pour les schémas ou pour l’élevage. Or, les performances sont un des ingrédients utilisés par le modèle BLUP. Aussi cette présélection génomique a eu comme effet de sous-estimer le progrès génétique dans la race et donc de biaiser année après année le système d’indexation actuel. D’où la nécessité de changer de méthodologie pour ne plus avoir les deux étapes, mais une seule, schématisée ci-contre, et prenant en compte la totalité des ingrédients simultanément, donnant le nouveau nom de la méthodologie « Single Step », traduit en « Une seule Etape ». Un autre point important, nous ne sommes pas le seul pays où le modèle d’indexation doit subir cette évolution. En effet, la nouvelle méthodologie SStep est en passe de devenir la référence méthodologique internationale pour l’ensemble des races laitières et allaitantes. Pour la Prim’holstein, la France semble pour le moment le 1er pays déployant cette nouvelle méthodologie pour le calcul des valeurs génétiques. A noter à titre d’exemple, que la méthodologie SStep est déjà déployée en race Brune en Italie et en Allemagne, et en race Angus aux USA.

Que va changer le passage à la méthodologie SSTEP ?

Dans la gestion au quotidien, le changement de méthodologie sera presque totalement transparent. L’ensemble de vos femelles disposant déjà d’index continueront d’en avoir. La prise en compte des ingrédients nécessaires au déroulement de l’indexation sera toujours effectuée, et la diffusion sera toujours réalisée selon un calendrier prédéfini. Les seuls changements seront :

  • La fin des index Génomiques ou des index Polygéniques, mais la mention « avec » ou « sans » prise en compte de génotypage sera connu pour les nouveaux index SStep ;
  • Une intégration des génotypages des femelles dans la population de référence dans le modèle de prédiction des équations génomiques. Ce point induit que les CD pourront légèrement augmenter en race Prim’holstein ;
  • La prise en compte des lactations 1 à 5 dans le calcul des index de production pour les femelles ;

Au niveau des palmarès, il est attendu un renouvellement autour de 45% des Tops 100, indépendamment du sexe. Cependant, quel que soit le caractère retenu, les moyennes varient peu ou légèrement à la hausse, et seul l’écart-type génétique au sein de la population augmente. Autrement dit, cette nouvelle méthodologie permet d’étirer les plages des Tops avec des valeurs maximales supérieures et des valeurs minimales inférieures, par rapport à l’ancienne méthodologie. 

Pour conclure, ce qu’il faut retenir de la nouvelle méthodologie Single Step qui sera déployée le 06 avril prochain :

  • Elle sera appliquée pour l’ensemble des individus de la race ;
  • Elle est nécessaire pour rattraper la perte de progrès génétique due au biais de présélection génomique ;
  • Elle sera la méthodologie de référence à l’international ;
  • Il n’y aura plus d’index génomique ou polygénique, mais seulement des index avec ou sans prise en compte de génotypage.
  • La précision des valeurs des index augmente très légèrement ;
  • Il est attendu un reclassement des meilleurs individus femelles ou mâles de la race au niveau des tops.

Suite à l’indexation, vous pourrez donc retrouver les index de vos animaux sur votre espace personnel ou sur l’application illicow. Les index des taureaux seront comme habituellement présents sur notre site www.primholstein.com et au sein de l’application Guide des Taureaux.

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