Sortie génomique juin 2010

Publié le 08 juillet 2010

Commentaires des index génomiques 10/2 par Rémy Vermès.
Exit la SAM2, nous parlerons maintenant de Sélection Génomique (ou SAMG).

Les principaux changements intervenus depuis les derniers calculs

  • En premier lieu, la population de référence sur laquelles’appuie l’indexation génomique est passée de 4 000 à 16 000 taureaux(à la fois génotypés et évalués sur descendance) grâce à la mise enplace d’Eurogenomics.
  • Ensuite, le suivi des régions chromosomiques s’estconsidérablement étendu pour arriver à un nombre compris entre 276 et714 régions selon le caractère indexé
  • Les performances des femelles sont prises en compte différemment pour limiter l’impact des traitements préférentiels
 
  • Enfin, de nouveaux caractères sont indexés, les caractèresde morphologie manquants et 5 caractères fonctionnels (longévité,facilité de naissance et de vêlage, vitalité des veaux à la naissanceet au vêlage). Par rapport aux taureaux polygéniques, il ne leur manqueplus que les index mammites cliniques et intervalle vêlage/1ère IA.


Conséquences
La méthode s’affine peu à peu et ce nouvel outil génétique gagne enprécision.Ainsi, les CD gagnent de 0,07 à 0,15 point suivant les caractèresconcernés et ils tournent en moyenne à hauteur de 0,65 pour laproduction, 0,60 pour la morphologie et les cellules, et un peu moinspour la fertilité. Des CD cependant toujours inférieurs à 0,7 et doncdes index qui pourraient être sujets à de sensibles variations.

Variations d’index : faible en moyenne mais…
Si on compare les index des 363 taureaux dont les entreprises desélection ont demandé la diffusion des index (dont 130 nouveaux) à ceuxdes 239 taureaux de février, on remarque que les 2 lots ont des valeurstrès proches et ce quelque soit le critère considéré.

Mais cette apparente stabilité cache des variations individuellestrès importantes et parfois surprenantes. Les chiffres sont édifiantsavec des évolutions extrêmes entre les 2 méthodes de calcul de -38 à+28 en Isu, -1264 à +1255 kg en lait, -2,3 à +2,3 en TP, -1,5 à +1,4 encellules ou -1,3 à +1,4 en fertilité.

Pour prendre un exemple concret, qui aurait pensé que Coldav Isy,un des meilleurs fils de Goldwyn en index lait, de surcroît issu d’unefamille de vaches réputée, se retrouverait quelques mois plus tardnettement négatif dans ce même index après une chute record de 1264 kgde lait ? Avec 126 points d’Isu, il est tombé bien bas mais,heureusement, l’index morphologique global reste excellent à +2,8 et ilvalait mieux l’avoir d’abord choisi sur ce critère.
Pour lui comme pour quelques autres qui se révèlent après coupmoins intéressants, il était primordial de suivre la règle numéro un del’utilisation des index génomiques : varier les taureaux utilisés et surtout ne pas utiliser un individu en grande quantité, eût-il le meilleur des papiers.

Bien sûr, les cas inverses existent aussi, à l’exemple de Deige, autrefils de Goldwyn, dont l’index lait se révèle meilleur que prévu, alorsmême qu’il garde ses atouts en morphologie et fonctionnels.

En tout cas, par rapport à certaines évolutions du modèle vuesdepuis un an, celle-ci semble moins tenir compte de l’identité des pèreet grand-père maternels. Par exemple, le montage Bolton sur O-manréserve des surprises dans l’évolution de l’index lait autant à lahausse (Climb Isy +1255 kg) qu’à la baisse (Dirst -1203 kg).

Des nouveautés intéressantes ?
Première remarque : nous retrouvons à un autre niveau leproblème de manque de variabilité observé dans la sortie polygéniqueavec les trop nombreux fils de O-man.

Car il est bien difficile d’éviter la présence de O-man, Shottle,Bolton ou Goldwyn dans les pedigrees (ces taureaux étant les principauxpères des taureaux polygéniques qui vont être indexés dans les 2 annéesà venir).

Certains répondront que c’est dans les vieilles marmites qu’on faitla meilleure soupe. D’ailleurs, on trouve même dans la génération néeen 2009 des croisements Shottle x Goldwyn ou Goldwyn x Shottle à desniveaux très intéressants (Euripide ou Eolien) !Mais si on cherche des origines (au moins paternelles) différentes, onse dirigera vers :
•Les premiers fils de Planet bien placés dans les palmarès (Electorat, Evarne, Elfe)
•Les fils de Frosty, souvent champions en fertilité (Drance Isy, Duroy Isy, Dounty)
•Les fils de Baxter pas faibles en taux (Dactyl Isy, Defluent)
•Les fils de Stol Joc (Duga Isy, Dialog)
•Des fils de Ramos ou Mascol pour les fonctionnels (Surefire, Conectar)
•Des fils de taureaux canadiens pour la variabilité, tels que Pagewire (Drival), Sidney (Edgar) ou Givenchy (Clyde)

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