La révolution génomique !

Compte rendu de la conférence de presse de France Génétique Elevage du 18 juin 2009.

Depuis aujourd’hui, 18 juin, les index SAM sont publiés officiellement, ce qui  place la France dans les tous premiers pays pour cette technologie.
L’occasion, pour l’interprofession génétique GENETIQUE ELEVAGE (FGE), de présenter à la presse le travail accompli et les perspectives futures dans ce domaine.

JP. MOUROCQ, « un saut technologique comparable à celui réalisé avec la congélation de la semence ! »
Selon Jean Pierre MOUROCQ, Président de la Commission Lait de FGE, on assiste, avec la génomique, à un virage essentiel dont on se souviendra longtemps, à un saut technologique comparable à celui réalisé avec la congélation de la semence !
La France est donc au rendez-vous, ce qui est une condition essentielle pour être un acteur important au niveau international.
Ces résultats ont été rendus possibles grâce au séquençage du génome bovin et à la voie originale mise en oeuvre par les chercheurs de l’Inra.

V. DUCROCQ, « une première étape »
Vincent Ducrocq, chercheur à l’Inra, a rappelé que les premiers travaux de  l’ère génomique ont débuté en 1995 avec un projet de détection de QTL qui a abouti en 2001 a la SAM 1 (programme unique au monde) et qui a duré jusqu’en 2008.
Il souligne le partenariat exemplaire entre la profession et la recherche publique.
Pour lui, le testage actuel est mort. Avec la méthode SAM, les taureaux vont tourner beaucoup plus vite et on n’attendra plus 5 ans avant d’utiliser largement un reproducteur.
Il rappelle que la méthode française est originale et se distingue des autres programmes génomiques, qui ignorent les QTL, qui résident seulement dans l’établissement d’équation de prédiction et qui nécessitent un nombre de données considérable.
Sans cette méthode française, l’indexation SAM sur des populations moyennes comme la Montbéliarde ou la Normande n’aurait pas été possible !

Pour lui, aujourd’hui n’est qu’une étape.
Avec la puce actuelle « 54K », on couvre 50 à 60 % de variabilité génétique sur le génome. Il faut aller plus loin et plusieurs programmes de recherche vont dans ce sens.

On peut aussi imaginer des puces à plus faible densité, ne traçant que les plus gros QTL pour la détection en masse avec des coûts défiant toute concurrence (aux environs de 10 € par analyse).
Selon les chercheurs, on peut s’attendre à ce que dans 5 ans, l’ensemble des animaux des élevages soient génotypés grâce à ces puces de faible coût !

L. JOURNAUX « la SAM remet à plat l’organisation des schémas de sélection »
Pour Laurent Journaux de l’UNCEIA, l’investissement de la profession et notamment de la famille IA a été conséquent. L’organisation collective du dispositif génétique sur laquelle s’est appuyée le projet a également été un atout.
Concrètement, la SAM remet à plat l’organisation des schémas de sélection : le testage actuel est mort, l’intervalle de génération est plus court, la connaissance de l’ensemble des caractères est précoce. Les entreprises ont toutes les cartes en main pour sélectionner très vite les reproducteurs.
La taille de la population de référence est également en enjeu important : plus elle est grande plus les estimations sont fiables.
Aussi, la France soutient-elle la démarche d’une collaboration européenne afin que la population de référence soit aussi grande que la population nord-américaine.

S. MATTALIA, « Interbull est un juge de paix »
Selon Sophie MATTALIA, secrétaire de la Commission Lait de FGE, au niveau international, plusieurs pays ont des programmes génomiques avec des approches propres. Il n’existe pas encore de système de validation de méthodes. Or cela est essentiel pour assurer la fiabilité des systèmes et des comparaisons. Interbull travaille sur ce sujet en ce moment, avec un rôle actif de la France.
Dans les évaluations internationales classiques ou génomiques, Interbull est un juge de paix.

« La diffusion des index SAM est dans une phase transitoire. »
Pour l’instant, seuls les taureaux détenus par les Entreprises de Sélection françaises ayant participé aux investissements ont des index SAM officiels.
Au plus tard fin 2010, le système sera ouvert pour tous les animaux (y compris pour les éleveurs individuels) dans des conditions qui permettront un retour sur investissement pour les financeurs, tout en préservant l’outil collectif.

« La SAM permet la sélection sur d’autres caractères. »
La génomique est particulièrement intéressante pour les caractères peu héritables ou pour de nouveaux caractères pour lesquels la collecte exhaustive est difficile : caractères lies à la résistance aux maladies, au bien-être animal, à la composition fine du lait. Une collecte de données très précise sur quelques milliers d’individus pourra être suffisante pour étudier ces caractères.

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